公司注销是工商行政管理部门根据公司申请，做出准许企业解散登记的行政决定行为，是企业合法退出市场的唯一方式。但并不是每一个公司注销都是非常顺利的，一些公司在办理注销时就遇到不少的阻碍，如：股东失联、营业执照遗失、营业执照被吊销等等情况。对于公司注销时遇到的这类情况，工商部门对此也给出了相应的解决方法。
1、公司股东失联或不配合
有限责任公司在办理注销时，需要提交股东会确认决议，对公司清算报告进行确认，确认后方可办理公司注销。对股东失联或是不配合的情况，公司只需通过书面报纸或国家企业信用信息公示网公告通知全体股东，依规定形成决议，成立清算组申请公司注销。
2、营业执照遗失
不少公司在领取营业执照后由于疏于保管导致营业执照遗失，而办理公司注销必须提交营业执照。对此营业执照遗失的情况，登记机关为缩减办理注销时间，将营业执照补办及注销办理进行合并，企业通过国家企业信用信息公示网进行营业执照遗失公示后，持公告证明及注销材料便可办理公司注销。
3、未更换三证合一
为了缩短注册办理公司时间，提高市场准入效率，工商行政部门对企业工商营业执照、组织机构代码证和税务登记证等三证进行合一。而在此前办理市场登记未进行三证合一，且公司营业执照被吊销的公司，在办理公司注销时可使用市场监管部门赋予的统一社会信用代码办理，无需更换新的营业执照。
4、营业执照吊销
不少公司总是会错认为吊销营业执照就是公司注销，在此要明确，注销是公司合理退出市场的方式，而吊销是剥夺公司经营资格的行政处罚。公司被吊销营业执照后需在规定时间内，进行公司注销办理申请，未及时办理注销公司将被列入“黑名单”。
5、因法定事由解散但未成立清算组
公司注销必须先进行公司资产、债务清算。而需要注销的企业逾期未进行清算的，债权人可向法院申请由指定人员组成清算组对该公司进行清算，清算完成后持法院确认的清算报告申请公司注销。
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